Ist das in vendor/meine_extension auch wirklich nur ein Symlink auf das Verzeichnis packages/meine_extension?
Wie hast du die lokale Installation auf den Server geladen? Wurde dabei vielleicht versehentlich statt einem Symlink tatsächlich Ordner und Dateien in vendor/ hochgeladen?
Ich erinnere mich, dass jemand schon mal so einen Effekt hatte, weil irgendwie FTP genutzt wurde.