Ich kann diesen Fehler in meinen Content Blocks nicht nachvollziehen, alle Links werden korrekt gespeichert und auch korrekt im Frontend ausgegeben.
Ich nutze allerdings momentan dafür den format.html VH. Versuche also mal folgendes:
<f:format.html parseFuncTSPath="lib.parseFunc_RTE">{item.content}</f:format.html>