wini2 Ja richtig, du sagst zwar "Setting" statt "Site Configuration" aber ich denke wir sprechen hier von der selben Sache.
In der Site Configuration steht lediglich dein Sitepackage als Dependency:
config/sites/<SITE_IDENTIFIKATOR>/config.yaml:
dependencies:
- vendorname/sitepackage
und im Site Set deines Sitepackages steht dann die Extension (z.B. EXT:felogin usw.)
EXT:sitepackage/Configuration/Sets/Sitepackage/config.yaml
name: vendorname/sitepackage
dependencies:
- typo3/fluid-styled-content
- typo3/fluid-styled-content-css
- typo3/seo-sitemap
- typo3/form
- typo3/felogin
Wenn ich nun über das Settings Modul die Pfade ändere:

landen diese in einer settings.yaml-Datei auf Eben derjenigen Site Configuration, für die ich die Einstellunge vorgenommen habe:
config/sites/<SITE_IDENTIFIKATOR>/settings.yaml:
felogin.view.templateRootPath: 'EXT:sitepackage/Resources/Private/Templates/FeLogin/'
felogin.view.partialRootPath: 'EXT:sitepackage/Resources/Private/Partials/FeLogin/'
felogin.view.layoutRootPath: 'EXT:sitepackage/Resources/Private/Layouts/FeLogin/'
Erwartungsgemäß greifen anschließend Änderungen, die ich beispielsweise in der Template-Kopie
EXT:sitepackage/Resources/Private/Templates/FeLogin/Login/Login.html
hinterlegt habe im Frontend.